Действие F.E.A.R. 2: Project Origin также разворачивается в мире, полном паранормальных явлений, в котором жестокие перестрелки перемешиваются с совершенно необъяснимыми явлениями, от которых легко мутнеет даже самый ясный рассудок. Игра начинается незадолго до окончания событий оригинальной F.E.A.R. Отряд специального назначения направляется в город Auburn. Вернее, в те развалины, которые остались на его месте. Мегаполис был разрушен паранормальным взрывом невероятной силы. Отряд лицом к лицу сталкивается с противником, многократно превосходящим его числом. Солдаты должны не просто выжить во что бы то ни стало, но и найти способ остановить Альму и те потусторонние силы, которые стремятся уничтожить все живое. Времени остается все меньше. Нужно торопиться, иначе мир навсегда погрузится в абсолютный мрак…